La Filarmonica ha prodotto una consistente discografia per Decca, Sony ed Emi: in occasione del bicentenario verdiano ha inciso con Riccardo Chailly il CD Viva Verdi (Decca), pubblicato anche in DVD. Con Sony ha realizzato il progetto ’900 Italiano. Decca ha rilasciato il CD con la registrazione dal vivo della Sinfonia n. 9 di Mahler diretta da Daniel Barenboim. Le ultime pubblicazioni includono Ouvertures, Preludi e Intermezzi, The Fellini Album, con musiche di Nino Rota, eletto Diapason d’Or de l’Année 2019, Cherubini Discoveries e Respighi. Di prossima uscita un CD con la Sinfonia n. 4 Italiana di Mendelssohn e Ouverture di Mozart e Schubert.